新疆生产建设兵团人民法院是伴随着新疆生产建设兵团的成立、发展和壮大而成长起来的。
　　 1954年10月，兵团正式组建并成立军法处，下属10个师级单位设立军法处，行使刑事审判权，并肩负着对全国罪犯改造工作。1956年8月，兵团各级军法处改建为军事法院，隶属新疆军区军事法院领导，依法审理刑事及部分民事案件，并担负改造、教育在押罪犯的任务。1975年3月，兵团建制被撤消，兵团各级军事法院相应并入自治区高级人民法院及地、州、市所在地中级人民法院。1981年12月，兵团恢复建制。1983年11月，兵团法院恢复建立。恢复组建后的兵团法院按三级设置，行使普通人民法院的审判权，审判业务从以刑事审判为主转变为以刑事审判、民商事审判和执行为主的共同发展时期。1998年12月29日，第九届全国人大常务委员会第六次会议通过《关于在新疆生产建设兵团设置人民法院、人民检察院的决定》，正式确定了兵团法院的法律地位。从此，兵团法院正式纳入了全国普通人民法院序列。2000年5月，兵团各级法院改五角星印章而启用国徽印章。2005年6月6日，最高人民法院公布实施的《关于新疆生产建设兵团人民法院案件管辖权问题的若干规定》，正式确定了兵团分院作为高级法院的审级地位。
　　兵团法院系统现设有三级43个人民法院，其中，作为自治区高级人民法院的派出机构兵团分院设在乌鲁木齐市，在全区13个地州市所在地的师设有13个中级人民法院，在农牧团场相对集中的垦区设有29个垦区人民法院和37个人民法庭。现有编制1292名，其中：分院编制87名，13个中级法院编制416名，29个基层法院编制789名。兵团分院行使除死刑二审案件之外的高级法院的审判执行职能，师中级人民法院行使地州一级中级法院的审判执行职能；垦区人民法院行使县级基层法院审判执行职能。兵团分院业务上受最高人民法院和自治区高级人民法院的监督、指导，同时监督指导所属中、基层法院的审判工作，党政工作接受兵团党委的领导。

　　多年来，新疆兵地党委、最高人民法院非常关心和支持兵团法院的建设和发展。在最高人民法院的监督指导下，兵团各级人民法院充分发挥审判职能，严厉打击 “三股势力”的分裂破坏活动，依法惩处各类严重刑事犯罪活动，依法调处大量矛盾纠纷，为新疆和兵团的改革发展稳定提供了有力的司法保障。